Durante le Guerre dei Cloni, il Generale Jedi Rahm Kota non volle avere nulla a che fare con l'Esercito dei Cloni. Kota non si fidava affatto dei soldati clone, e per questo preferì formare una piccola unità di veterani reclutati tra le milizie locali, i gruppi di mercenari e perfino tra i prigionieri di guerra Separatisti. La Milizia di Kota portò a segno numerose vittorie nell'Orlo Esterno. In seguito all'Ordine 66, che causò l'uccisione di migliaia di Jedi per mano dei soldati clone, gran parte dei miliziani di Kota gli restarono fedeli, dirottarono una nave da guerra della Repubblica e si nascosero insieme a lui in attesa di tempi più propizi. Nel 3 BBY il Maestro Kota e i suoi uomini uscirono allo scoperto per condurre delle missioni mirate contro alcuni bersagli chiave imperiali dietro suggerimento di Bail Organa. Pur non trattandosi di una vera ribellione, la milizia di Kota causò abbastanza danni da attirare l'attenzione di Darth Fener.